โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เป็นโรงเรียนที่อยู่ภายใต้การดำเนินงานของมูลนิธิส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร
แห่งประเทศไทย โดย แมร์ไอรีน ชำนาญธรรม เป็นอธิการิณีเจ้าคณะแขวงฯ คน ปัจจุบัน
พ.ศ.2537
· 13 ธันวาคม 2537 บริษัท บางกอกแอร์พอร์ท อินดัสทรี จำกัด โดย คุณอนันต์ กาญจนพาสน์ เจ้าของโครงการเมืองทองธานี ได้มอบที่ดินจำนวน 10 ไร่ ให้แก่มูลนิธิส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทย โดย แมร์ มีเรียม เดอ เซนต์อานน์ กิจเจริญ อธิการิณีเจ้าคณะแขวงฯ เป็นผู้รับมอบ และได้ดำเนินการก่อสร้างอาคารเรียน จำนวน 3 หลัง ดังนี้ อาคาร ST.JOSEPH อาคาร MYRIAM และ อาคาร THE HOLY FAMILY ด้วยทุนทรัพย์ของมูลนิธิฯ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเปิดเป็นโรงเรียนสหศึกษาตั้งแต่ระดับชั้นก่อนประถมศึกษา – มัธยมศึกษาตอนปลาย
พ.ศ.2539
· 16 เมษายน 2539 บริษัท บางกอกแอร์พอร์ท อินดัสทรี จำกัด โดย นายมงคล กาญจนพาสน์ ประธานกรรมการ ได้มอบที่ดินจำนวน 13 ไร่ ให้แก่มูลนิธิส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทย โดย แมร์ มีเรียม เดอ เซนต์อานน์ กิจเจริญ อธิการิณีเจ้าคณะแขวงฯ เป็นผู้รับมอบ
พ.ศ.2540
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ได้รับใบอนุญาตให้จัดตั้งโรงเรียน ตามใบอนุญาต เลขที่ 2/2540 อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 18 แห่งพระราชบัญญัติโรงเรียนเอกชน พ.ศ.2525 อนุญาตให้ มูลนิธิส่งเสริมการศึกษาคณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทย โดย นางสาวรจิต กิจเจริญ (แมร์ หลุยส์ เดอ ลา ตรีนิเต กิจเจริญ) เป็นผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาต ทั้งนี้ ตั้งแต่วันที่ 2 มิถุนายน พ.ศ.2540 เป็นต้นไป
· คณะภคินีเซนต์ปอล เดอ ชาร์ตร แห่งประเทศไทย ได้ประกาศแต่งตั้ง เซอร์ เรจีนา ชมไพศาล (นางสาวสว่างจิตต์ ชมไพศาล) ดำรงตำแหน่งอธิการิณีโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี พร้อมบรรจุให้เป็นผู้จัดการ ตามใบอนุญาตเลขที่ 3/2540 เมื่อวันที่ 2 มิถุนายน 2540 บรรจุให้เป็นครูใหญ่ ตามใบอนุญาตเลขที่ 21/2540 เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม 2540 และบรรจุให้เป็นครู ตามใบอนุญาตเลขที่ 367/2540 เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม 2540
· 25 พฤษภาคม 2540 โรงเรียนได้จัดพิธีเสกอาคารเรียน โดยคุณพ่อวีระ อาภรณ์รัตน์, คุณพ่อชาญชัย ทิวไผ่งาม และคุณพ่อชัชวาล แสงแก้ว
· 2 มิถุนายน 2540 เปิดเรียนวันแรกของโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ปีการศึกษา 2540
พ.ศ.2541
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ได้รับอนุญาตให้เปิดทำการสอนโครงการใช้สื่อการสอนเป็นภาษาอังกฤษหลักสูตร กระทรวงศึกษาธิการ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1- 6 ตามใบอนุญาตเลขที่ 278/2541 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2541 เป็นต้นไป
· กันยายน 2541 โรงเรียนได้จัดพิธีเสกพระรูปแม่พระ และอันเชิญขึ้นประดิษฐาน ณ ถ้ำแม่พระโรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์
พ.ศ.2542
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ได้รับอนุญาตให้ใช้ระเบียบการโรงเรียนได้ ตามใบอนุญาตเลขที่ 46/2543 ตั้งแต่ปีการศึกษา 2542 เป็นต้นไป
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ได้รับอนุญาตให้เปลี่ยนแปลงผู้ลงนามแทนผู้รับใบอนุญาตจาก นางสาวรจิต กิจเจริญ (แมร์ หลุยส์ เดอ ลา ตรีนิเต กิจเจริญ) เป็น นางสาวจันทร์เพ็ญ ชีรานนท์ (เซอร์ ฟรังซัวส ชีรานนท์) ตามใบอนุญาตเลขที่ 162/2542 ตั้งแต่วันที่ 23 เมษายน 2542
พ.ศ.2543
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี ได้รับอนุญาตเปลี่ยนชื่อโรงเรียน จากเดิม “โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ เมืองทองธานี” เป็น “โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์” ตามใบอนุญาตเลขที่ 139/2543 ตั้งแต่วันที่ 1 กุมภาพันธ์ 2543
· โรงเรียนเซนต์ฟรังซีสเซเวียร์ ได้รับใบรับรองการตรวจสอบอาคาร อาคารชุมนุมคน ตามพระราชบัญญัติควบคุมอาคาร พ.ศ.2522 แบบ ร.1 เลขที่ 9/2557 โดย บริษัท อาร์คิเทคส์ แมเนจเม้นท์ จำกัด เลขที่ น.0055/2550 ณ วันที่ 30 มกราคม 2557
จานวนนกั เรียนท่ีมคี วามสามารถในการอภปิ รายแลกเปลย่ี นความคิดเหน็ และแก้ปัญหา ชน้ั ประถมศกึ ษาปที ี่ 1- 6
ระดับชั้น ดมี าก ดี ปานกลาง ปรับปรุง
ประถมศกึ ษาปีที่ 1 286 61 28 2
ประถมศกึ ษาปีที่ 2 250 81 30 2
ประถมศึกษาปที ี่ 3 240 68 18 0
ประถมศึกษาปที ี่ 4 252 59 21 0
ประถมศึกษาปีที่ 5 168 106 33 4
ประถมศกึ ษาปที ี่ 6 137 127 35 6
จานวนนกั เรยี นท่มี ีความสามารถในการอภปิ รายแลกเปลยี่ นความคิดเหน็ และแก้ปญั หา ชั้นมัธยมศกึ ษาปีที่ 1- 6