สืบเนื่องจาก ปี พ.ศ. 2542 รัฐบาลมีนโยบายที่จะขยายโอกาสทางการศึกษาให้กับเด็กพิการอย่างทั่วถึง กอร์ปกับฯพณฯ กัญจนา ศิลปอาชา สมาชิกสภาผู้แทนราษฎรจังหวัดสุพรรณบุรี
ซึ่งดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการในสมัยนั้น เล็งเห็นความสำคัญของการจัดการศึกษาสำหรับเด็กพิการและผู้ด้อยโอกาสได้ผลักดันให้มีการจัดตั้งศูนย์การศึกษาพิเศษ เพื่อเป็นสถานศึกษาสำหรับให้บริการกับเด็กพิการทุกประเภท
ศูนย์การศึกษาพิเศษ เขตการศึกษา 5 จังหวัดสุพรรณบุรี จึงได้จัดตั้งขึ้น
ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 29 พฤศจิกายน 2542 เพื่อเป็นศูนย์ให้บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและเตรียมความพร้อมเพื่อการส่งต่อพัฒนาศักยภาพเบื้องต้นให้กับผู้พิการ
เป็นศูนย์ข้อมูลสารสนเทศประสานการจัดการเรียนร่วม ฝึกอบรมและพัฒนาบุคลากร เป็นศูนย์วิชาการเพื่อการวิจัยและพัฒนาจัดให้บริการสำหรับผู้พิการทุกประเภท ในพื้นที่เขตการศึกษา 5 ได้แก่ จังหวัดราชบุรี กาญจนบุรี เพชรบุรี สมุทรสงคราม ประจวบคีรีขันธ์ และสุพรรณบุรี
ในปี 2542 ศูนย์ ฯ ได้ประสานงานกับองค์การบริหารส่วนตำบลทับตีเหล็ก เพื่อขอใช้ที่ดินสาธารณะประโยชน์บ้านโพธิ์เขียว จำนวน 13 ไร่ 3 งาน โดยทางศูนย์ฯ ได้รับความอนุเคราะห์ จากนายสมยศ บุราณสาร กำนันตำบลทับตีเหล็ก นายสมภพ ดิษฐวุฒิ ผู้ใหญ่บ้านโพธิ์เขียว และราษฎรชาวบ้านโพธิ์เขียว โดยมีนายประหยัด ทรงคำ ผู้อำนวยการโรงเรียนศึกษาพิเศษสุพรรณบุรี เป็นผู้ประสานงานและติดตามเรื่องการขอใช้ที่ดิน จนที่ประชุมมีมติเป็นเอกฉันท์ให้ใช้ที่ดินสาธารณะประโยชน์ดังกล่าวก่อสร้างศูนย์การศึกษาพิเศษ เขตการศึกษา
5 จังหวัดสุพรรณบุรีได้ และในขณะเดียวกันปี 2542 ได้รับความอนุเคราะห์จากโรงเรียนศึกษาพิเศษสุพรรณบุรี ใช้อาคารเรียนเป็นที่ตั้งสำนักงานชั่วคราว และเริ่มดำเนินงานด้านการช่วยเหลือด้านการศึกษาสำหรับผู้ปกครอง
และเด็กพิการในเขตพื้นทีจังหวัดสุพรรณบุรี
การให้บริการในปัจจุบัน
ศูนย์การศึกษาพิเศษ เขตการศึกษา 5 จังหวัดสุพรรณบุรี ให้บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและการเตรียมความพร้อมเพื่อการส่งต่อ พัฒนาศักยภาพเด็กพิการที่มีความบกพร่องทุกประเภท ตามแนวทาง(หลักสูตร)การให้บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มสำหรับเด็กที่มีความต้องการจำเป็นพิเศษ
ประสานการจัดการเรียนร่วม เป็นศูนย์วิชาการและสารสนเทศ จัดบริการ สื่อ และสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับคนพิการ ฝึกอบรมและพัฒนาบุคลากรที่เกี่ยวข้องกับการจัดการศึกษาเพื่อคนพิการ และบริการช่วยเหลือด้านอื่นๆ
แก่เด็กพิการ ทั้ง 9 ประเภท โดยจัดรูปแบบการให้บริการ ดังนี้
1. ให้บริการช่วยเหลือระยะแรกเริ่มและเตรียมความพร้อมภายในศูนย์ ทั้งประจำและไป-กลับ ปัจจุบันมีเด็กนักเรียนที่มีความบกพร่องประเภทต่าง
ๆ มารับบริการที่ศูนย์ ฯ
เฉลี่ยวันละประมาณ40-50 คน
2. ให้บริการที่บ้าน ออกให้บริการได้วันละ 8 -10 ครอบครัว
3. ให้บริการในโรงเรียนเรียนร่วม
4. ให้บริการเด็กเจ็บป่วยในโรงพยาบาล